Sport en bewegen is belangrijk voor de gezondheid en sociaal-emtoionele ontwikkeling van kinderen. Bovendien helpt het de kinderen bij de concentratie en de motoriek. In het onderwijs op de Binckhorst - St. Jan wordt dan ook extra accent gelegd op bewegen, sport en gezondheid. Zo hanteert de school drie keer per week een fruitdag (dinsdag, donderdag en vrijdag). De school beschikt over moestuintjes om kinderen te leren over gezonde voeding.
Recent heeft de school een vernieuwd schoolplein gekregen. Daarnaast worden gedurende het jaar diverse clinics aangeboden: yoga, bootcamp en acrogym. En de school neemt actief deel aan enkele sporttoernooien met andere scholen van Alberdingk Thijm Scholen zoals beeball (honkbal voor jonge kinderen) en beachvolleybal in Loosdrecht.
Uniek in het Gooi is dat de Binckhorst - St. Jan schoolzwemmen aanbiedt. Alle leerlingen van groep 4 t/m 8 gaan jaarlijks een periode zwemmen. In plaats van twee keer in de week gym, gaan de leerlingen gedurende een aantal weken een keer in de week zwemmen. Er worden diverse activiteiten aangeboden in zwembad de Biezem door professionele zweminstructeurs: denk aan waterpolo en survivalzwemmen.
